Tahun Pertama
Mahasiswa akan diberi perkuliahan yang berisi aspek matematika, fisika, bahasa dan dasar komputer agar lebih memperdalam penguasaan materi dasar dibidang teknik sipil. Sebagai tambahan lainnya, topik-topik mengenai bidang keteknikan mulai diperkenalkan. Pada tahun pertama ini mahasiswa juga sudah dibebankan kewajiban kerja praktikum yang bersifat individual maupun kelompok
Tahun Kedua
Mahasiswa diberikan topik yang lebih mendalam mengenai aspek dasar keahlian teknik sipil. Sebagian besar topik sudah berupa perencanaan sistem, kerekayasaan dan penggunaan material pada struktur bangunan teknik sipil. Pada akhir tahun kedua mahasiswa lebih ditekankan pada subyek kuliah dan praktikum yang berhubungan dengan keahlian di bidang praktek dan kerekayasaan.
Tahun Ketiga
Pada tahun ketiga, mahasiswa mulai diperkenalkan kajian aplikatif dan pembelajaran berbasis permasalahan di lapangan. Aspek-aspek perkuliahan pada keahlian sipil juga lebih meningkat sehingga mahasiswa di tahun ini mulai memiliki kompetensi asas di bidang perencanaan dan disain konstruksi bangunan teknik sipil. Mahasiswa juga mulai diperkenalkan untuk penyusunan laporan dan metodologi ilmiah.
Tahun keempat
Merupakan tahun terakhir Mahasiswa menyelesaikan studinya. Mahasiswa yang telah memenuhi persyaratan dapat mengambil kerja praktek dan magang selama beberapa bulan, agar lebih mengenal lebih jauh keterkaitan teori dan lapangan. Pada tahun ini mahasiswa dapat menyelesaikan tugas akhir sebagai implementasi kemandirian keilmuan yang telah dipelajarinya. Beberapa topik mata kuliah dapat diambil oleh mahasiswa sesuai dengan peminatannya berupa topik keahlian dan terapan.
Mata kuliah yang disusun di Program Studi Teknik Sipil UMY merupakan mata kuliah inti yang berlaku secara nasional, dan mata kuliah institusional yang merupakan potensi pengembangan program studi.
Mata kuliah yang ditawarkan pada Program Studi Teknik Sipil UMY adalah :

1. Mata Kuliah Dasar Umum (Civil Enginnering General = CEG), merupakan bagian Kelompok Mata Kuliah Pengembangan Kepribadian.
2. Mata Kuliah Dasar Inti (Civil Engineering Basic Of Core = CEB), merupakan bagian dari Kelompok Mata Kuliah Keilmuan dan Keterampilan dan Keahlian Berkarya .
3. Mata Kuliah Inti (Civil Engineering Core = CEC), merupakan sebagian dari Kelompok Mata Kuliah Keahlian Berkarya, Kelompok Mata Kuiah Perilaku Berkarya dan Kelompok Mata Kuliah Berkehidupan bersama.
4. Mata Kuliah Peminatan, Prosentase, jumlah dan letak mata kuliah dan kelompok mata kuliah pada tiap semesternya dirancang saling berketerikatan serta mendukung satu dengan yang lainnya.